框架木箱的防水方法主要是在侧面、断面的内面和顶盖的下面衬以防水材料，如防水纸、塑料薄膜（厚度为0.05mm以上）、油毡和白铁皮（镀锌薄钢板），由上框木的上缘铺到下框木的下缘。常见的塑料薄膜为0.05mm以上的；油毡要选用17kg（面积21平方的质量）以上；镀锌薄钢板的厚度为0.258以上。

除了箱内衬以防水材料外，还要为排水和通风在底板上设置间隙或者开孔。相邻底板之间所留间隙的尺寸为0.5-1cm，开孔要开4个以上，直径为1.2cm，其位置要避开内装物。

通风是框架木箱为了防潮而采取的措施。为了使空气能在箱内、外流动，除了在底板留通风间隙或开通风孔外，还要在侧面或端面的上框附近设置通风结构，通风结构的个数根据框架木箱的容积而定。